En 1553, en France, Michel Servet est condamné au bûcher par l'inquisiteur (catholique) Mathieu Ory. Michel Servet parvient à s'évader et se rend à Genève. L'inquisition le condamne donc par contumace et seule son effigie et ses livres sont brûlés.
À peine arrivé à Genève, Michel Servet est arrêté à la demande de Calvin, le 13 août 1555. Le magistrat se prononce immédiatement contre Michel Servet, chose à laquelle Calvin ne s’était pas attendu (Jean Calvin n'a à cette époque pas d'autorité officielle et plusieurs responsables sont "libertins"). Plus encore, le conseil de la ville s’approprie l’accusation. Les expertises des autres cantons (protestants) sont demandées mais avant que ceux-ci ne puissent se prononcer, le conseil de la ville constitue sa propre accusation, rédigée par un adversaire de Calvin. Jean Calvin s’oppose à la mort sur le bûcher de Michel Servet, la peine de mort réservée aux hérétiques, et réclame une mort moins spectaculaire et douloureuse. Au cours des interrogatoires, Michel Servet accuse Calvin d’hérésie et exige que tous les biens de Calvin lui soient légués.
Les expertises des villes (protestantes) de Bâle, de Schaffhouse et de Zurich arrivent, elles sont unanimes: les réponses sont toutes en faveur de Calvin. On considérait Michel Servet comme un surexcité. En même temps, les réponses sont modérées : aucun canton ne propose la peine de mort. On affirmait seulement la nécessité de réagir. Le 26 octobre 1555, Servet est condamné à la mort sur le bûcher. Le jugement est exécuté le lendemain, bien que Calvin et les autres pasteurs aient demandé une forme d’exécution moins cruelle.
Jean Calvin a contribué indirectement à la mort de Michel Servet, on ne peut pas l’exonérer de sa responsabilité dans cette affaire. Calvin, en mettant ses lettres à disposition du tribunal, a participé au procès. Il n’a pas essayé d’arrêter le conseil de Genève (il n’aurait toutefois pas eu réellement la possibilité de le faire.) Il a une responsabilité claire dans la mort de Servet – pas plus. On ne peut pas affirmer qu’il s’agisse d’un procès de Jean Calvin contre Michel Servet. Aucune autre ville n’aurait agi autrement. Avant et après Servet, des centaines d’hérétiques ont été exécutés, que ce soit par des régimes protestants ou catholiques. Aujourd’hui, il est facile de condamner Calvin. Mais nous ne pouvons pas appliquer nos critères modernes aux actions de Calvin car celles-ci reflètent seulement l’esprit du 16e siècle.
En conclusion: Michel Servet était un authentique "hérétique" avec des doctrines anti-bibliques. Par contre l'évangile, ne demande absolument pas qu'on brûle qui que se soit. Jean Calvin et Genève s'étaient distanciés de l'intolérance catholique de l'époque pour revenir à la pureté évangélique dans de nombreux domaines: on ne peut que regretter qu'ils ne l'aient pas fait dans ce cas précis. Les protestants d'aujourd'hui sont unanimes à condamner ce bûcher et espèrent qu'un jour le Vatican répudiera aussi catégoriquement les crimes de l'inquisition et de la saint Barthélémy.